Beyond Compare ne peut pas comparer les documents MS Word, MS Excel ou Adobe PDF côte-à-côte. Ils ont des formats complexes et propriétaires que Beyond Compare ne peut pas comprendre. Toutefois, si vous sauvegarder en premier lieu des documents comme des fichiers texte, BC peut comparer leur contenu.
Beyond Compare ne fonctionne pas sur un Mac, du moins nativement. Des utilisateurs nous ont rapporté un certain succès en exécutant BC sous VirualPC. Pour les fans d'OS/2, BC peut être "relinké" (éditeur de liens) en utilisant Odin, avec peu de problèmes. Actuellement, nous n'avons pas de version Unix de BC, bien qu'il soit dans notre intention de développer une version Linux.
Beyond Compare ne fait pas de comparaison de trois ensembles, ni ne fusionne automatiquement le code source.